[Paper_Knight]

Petya V4sechkin, Intel. Переткнул на JMicron, ничего не изменилось.

[Petya V4sechkin]

Остается предположить, что поврежден реестр, учитывая:

Когда бекапил реестр заметил, что операция идет очень долго, больше часа. Поиск по реестру тоже примерно также долго. В BootViz, видимо, не все галки сначала ставил, теперь появилось BootActivity. Эта самая пауза - Registry+Pa

И в логе Process Monitor тоже задержка перед загрузкой кустов реестра.
Файлы в папке \WINDOWS\system32\config нормального размера?

[Paper_Knight]

по сравнению с имеющимися подобными системами - default 197 Мб, на других он килобайты. Остальное примерно одинаково - software - 13-35 Мб, system - 3-4 Мб.

[Petya V4sechkin]

default 197 Мб

Соответствует HKEY_USERS\.DEFAULT
Можно выяснить, какая именно ветка в нем распухла. Экспортировать подразделы и смотреть их размер.

[Paper_Knight]

это оказался HKey_users\.Default\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Digest\hosts
Найдя ветку, экспортирующуюся в файл объемом 372 Мб, загуглил этот раздел и в числе первых пяти нашел ссылку xp goes black after splash screen. И это на самом деле оно! Грузится как положено.

Petya V4sechkin, огромное спасибо за помощь, в процессе узнал много интересного

[mastereworm]

Это все конечно чудесно, но по какой причине этот куст распухает?

(обнаружил на своем win2003)

[Petya V4sechkin]

по какой причине этот куст распухает?

Обычно виноват процесс UNS.exe (Intel AMT User Notification Service или Intel Management Engine) - отключите из автозагрузки или удалите в Пуск -> Панель управления -> Установка и удаление программ

[mastereworm]

Petya V4sechkin, уже разобрался) Обычно uns.exe это служба.