Обновления лучше интегрировать в дистрибутив - так меньше вероятность глюков и работает система более стабильно. Никто не исключает, что вы успели вирусняк какой-нибудь подхватить, пока обновлялись.
Лишнее вы вряд ли могли поставить, windowsupdate лишнего не предлагает.